三级主任科员不是正科，三级主任科员介于正科级领导职务和副科级领导职务之间，比副科级领导职务工资待遇要高，但是比正科级领导职务工资待遇要低。

在县乡等基层，一般是副科级领导干部卸任领导职务的同时，提升为主任科员，然后等待退休。而在省以上机关，主任科员一般是担任更高级职务之前的一个台阶，在此基础上可以提升为正科级领导职务，也可以提升为副处级职务。

新公务员法明确公务员实行职务与职级并行制度，将公务员职级分为四个层级12个等级，即：一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。相对于老公务员法的8个等级（巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员），少了4个层级。